常见问题
强离子交换与弱离子交换的差异在于强的为完全电离，弱的为部分电离。强的在较宽的 pH 范围内有着比较好的载量，而弱的会随 pH 的不同，结合的强度与载量有改变，所以能提供更多的选择性。一般推荐先尝试强离子交换，在选择性不好的时候可以再尝试弱离子交换。
相对来讲，填料的粒径越小则分辨率越高，一般分辨率由高到低为 ：Capto HiRes(9 µm)、Source 15(15 µm)、Source 30(30 µm)、High Performance(HP，34 µm)、Capto ImpRes(40 µm)、Capto ImpAct(50 µm)、Capto(90 µm) 和 Fast Flow(FF，90 µm)。预装柱的柱效更佳。粒径越小的同时反压也越高。
阴离子交换包括：Q强阴离子，DEAE、ANX弱阴离子；
阳离子交换包括：S，SP强阳离子，CM弱阳离子；
复合模式：adhere强阴离子复合模式，MMC弱阳离子复合模式。
Capto是经过优化处理的琼脂糖基架，相比传统的Sepharose基架，其在动态载量、基架刚性上均有明显的提高；
- Capto系列，更高地动态载量，更短的保留时间，更高的装填高度；
- Capto ImpRes系列，更细的平均粒径，更低的反压，缩短样品的上样时间，优化实验进程。
- Capto S ImpAct，是一种为MAb精纯步骤设计的强阳离子交换填料，含有一个多聚体-脚手架配基，结合连接有功能基团的表面延伸臂，大大提高了结合载量 (> 100 mg mAb/mL 填料)。同时，50 um粒径具有高的分辨率，有效去除高负荷单克隆抗体中的杂质，包括HCP、脱落的配基、聚集体和片段、异构体等杂质。
自然界中绝大部分蛋白的 pI 在 5.8 或 9 附近，偏酸性更多。因此，针对未知样品，一般首先推荐强阴离子交换层析，如Capto Q，使用中性缓冲液 pH 7-8。如果 Q 挂不上，可以再尝试强阳离子交换 Capto S 或 SP Sepharose FF阳离子交换层析填料，选择 pH 5-6 范围。另外，可以选择样品流穿，杂质挂柱。 HiTrap Capto IEX Selection Kit( 货号28934388)，含 Capto S、Capto Q、Capto DEAE、Capto adhere 以及Capto MMC 1mL 预装柱各一支，后两个为多模式填料，可用于填料筛选。
首先，离子交换本身是基于蛋白 “ 表面 ” 的电荷分布而不是净电荷，因此并不完全依赖于 pI 差异 ；其次，蛋白纯化本身是基于样品和杂质的带电荷差异，即便对于 pI 很接近的两种蛋白，pI 曲线每个点的斜率不同，也可以摸索到某个 pH 条件，让二者带电荷量差异尽可能大，且样品稳定。反过来，也可能出现 ：两个蛋白，一个 pI 4，一个 pI 5，但是某pH 条件下，带电性质一样，又分不开。另外，建议优先尝试高分辨率填料（如 Capto HiRes 系列），减少上样量并且拉大洗脱梯度进行优化。
一般操作 pH 高于等电点时选择阴离子交换，反之选择阳离子交换。等电点可以通过 Expasy 软件预测，或使用等电聚焦、滴定法检测。建议进行 pH Scouting 筛选最佳分离 pH 条件，或者从偏离 pI 值 1 以上开始尝试。
为了促进样品结合且保证重复性，建议实验前，使用中性缓冲液 ( 如 20 mM Tris-HCl， pH 7.8) 平衡柱子，然后水洗，上样。