硫醇基是蛋白质标记的有用靶标。由于它们也存在于大多数蛋白质中，通常比氨基数量少，因此标记的选择性和精确度更高。这些位点的标记通常不会显著改变原有蛋白结构或者阻断结合位点。马来酰亚胺与肽、蛋白质和寡核苷酸中的半胱氨酸残基等硫醇基团发生特异性反应。形成不可逆的硫醚键，让蛋白的标记非常稳定，可用于蛋白-蛋白间相互作用的研究。

Cy3 和 Cy5 标记的马来酰亚胺染料常用于蛋白荧光标记时的偶联物。它们常在研究蛋白质-蛋白质、蛋白质-多肽和蛋白质-核酸间的相互作用时，即稳态荧光、荧光偏振 (FP) 和荧光共振能量转移 (FRET) 等应用时使用。

CyDye 标记的马来酰亚胺染料可适用于抗体标记，由于染料分子掺入的位置远离抗体上的抗原结合位点。所以可以尽量避免标记后的抗体分子功能受到影响。

这种标记方法操作简单、有效。提供了一种可选方案，适用于需要更高的标记选择性时或 Cy3 和 Cy5 NHS 酯染料无法对氨基进行理想标记时。

每个试剂盒含有 5 小瓶染料，每瓶染料可标记 1 mg 蛋白。染料已预分装，采用铝箔密封包装，保证标记的稳定性。